In Thomas Was Alone ci sono 15 trofei di cui 13 di bronzo, 1 di argento e 1 d’oro:
TROFEI DI BRONZO
Saltatore esperto
Salta 1600 volte.
Sig. Solo Soletto
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Apparizione”.
Tre amigos [Difficoltà 1/10]
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Array”.
Il vello d’oro
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Origine”.
Vero amore
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Associazioni”.
Unico sopravvissuto
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Epura”.
Sfidando la gravità
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Inverti”.
Una nobile missione
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Ripeti”.
Creatività
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Progettazione”.
Desaturato
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Generazione”.
Esci dal negozio di regali
Trova entrambi gli Sblocca-trofeo in “Y+1, X+1”.
Enorme successo
Muori 100 volte.
Una parte del problema
Rimbalza su Laura 100 volte.
TROFEO DI ARGENTO
La raccolta
Trova tutti gli Sblocca-trofeo nel gioco.
TROFEO D’ORO
Thomas non era solo
Finisci il gioco.